Già ‘mons iustitiae’ muta il suo nome in ‘mons sancti iusti’ in onore del vescovo di Vienne (Francia) S. Giusto appunto, che alla fine del IV secolo si dice abbia fatto visita al paese. Altro possibile antico nome e’ ‘telusiano’. Il periodo di maggior splendore per Monte San Giusto è senza dubbio quello rinascimentale, quando Niccolò Bonafede, nato a Monte San Giusto nel 1463, vescovo di Chiusi e abile condottiero al servizio dello Stato Pontificio negli anni che vanno da Alessandro VI a Clemente VII, decise di stabilire nella propria città natale una vera e propria corte.
Il paese fu interessato da un ampio rinnovamento urbanistico: fu costruito lo splendido Palazzo Bonafede, una delle maggiori architetture del Rinascimento nelle Marche, aperta la grande piazza e ristrutturata la Chiesa di Santa Maria della Pietà in Telusiano al cui interno venne collocata la monumentale Crocifissione, capolavoro del pittore veneziano Lorenzo Lotto, ancora oggi inserita nella sua cornice originale.